Juan Francisco Vázquez Costa behaalde zijn diploma Geneeskunde aan de Universiteit van Valencia in 2005. In 2005 en 2006 voerde hij een onderzoeksplaatsing uit bij de afdeling Kinder- en Jeugdpsychiatrie aan de Universiteit van Freiburg. Van 2008 tot 2012 voltooide hij zijn opleiding tot neuroloog in het Hospital la Fe, met een opleidingsverblijf van drie maanden op de afdeling dementie van het Massachusetts General Hospital en in het Neuroimaging Research Martinos Center (Boston, VS). Vervolgens voegde hij zich bij de onderzoeksgroep Neuromusculaire Pathologie en Ataxie (GIPNMA) van de Onderzoeksstichting van Hospital la Fe en een nationale groep voor de studie van zeldzame ziekten (CIBERER). Daar specialiseerde hij zich in de diagnose en behandeling van zeldzame neuromusculaire ziekten, in het bijzonder motorneuronziekten, na het bemachtigen van verschillende competitieve beurzen. In februari 2019 voltooide hij zijn proefschrift met een project van biomarkers en genetica bij ALS. Gedurende deze jaren nam hij deel aan 17 onderzoeksprojecten (waarvan vele als hoofdonderzoeker) en werkte hij actief samen met onderzoekers van verschillende onderzoeksinstituten en universiteiten. Hij heeft ook als onderzoeker deelgenomen aan meer dan 20 klinische trials bij dementie en neuromusculaire ziekten, en was hoofdonderzoeker van twee klinische trials bij ALS. Juan Francisco Vázquez Costa heeft 41 wetenschappelijke artikelen gepubliceerd, de meeste over ALS, en verschillende hoofdstukken in boeken. Hij heeft ook een software ontwikkeld samen met de Polytechnische Universiteit van Valencia.